经过24年的努力，我校学位与研究生教育工作取得了重大成绩，已建立起具有一定规模、学科比较齐全、多层次、多形式的学位与研究生教育体系：是有权推荐优秀本科应届毕业生免试攻读硕士学位单位；是在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位单位；是开展临床医学硕士专业学位工作单位；是开展高校教师在职攻读硕士学位单位。目前有中医骨伤科学、中西医结合临床2个博士点，有中医学、中西医结合、中药学3个硕士一级学科，硕士点共18个，涵盖了中医学、中西医结合、中药学、药学、基础医学、临床医学共6个一级学科。目前在校博士生49人，硕士生864，其它各类在职申请硕士学位人员达281人。
我校自2001年开始招收临床医学专业学位硕士生，重点训练学生的临床思维和临床技能旨在培养高素质的临床应用型人才，至2009年已有八个专业共招生1280人，目前在校生中临床型与学术型研究生比例为：2.3 : 1 。
随着研究生规模急剧增加、培养模式多样化，研究生部在研究生教育的各个环节上从严把关，建立了一整套管理制度并制定了一系列研究生教育工作的有关规定，使工作有章可循，确保了研究生的培养质量。近年来，我校学位与研究生教育重在内涵发展，优化结构，目前我校已有3个福建省研究生创新基地，1门福建省优质硕士学位课程，3门福建省优质硕士学位立项建设课程及7门福建中医药大学优质硕士学位立项建设课程。
研究生部是学校专设的学位与研究生教育管理职能部门，具体负责全校研究生的招生、培养、学籍管理、学位管理及教学医院研究生思想教育。研究生部下设研究生部办公室、招生办公室、培养学位办公室、学生工作办公室四个部门，有10位工作人员，已形成了一支专业水平高、认真负责、富有效率的团队。
进入21世纪， 研究生部将进一步适应社会对高层次中医药人才的需求，以福建中医药大学向教学科研型转型和海峡西岸经济区建设为契机，深化改革，积极吸收国内外先进管理经验，加快申报新的学位授权点，继续贯彻"以人为本"的方针，全面推进服务型管理，为社会主义现代化建设输送高层次人才。
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